由于2003年的白盐化症候群，人类走向了不可挽回的毁灭。为了对抗白盐化症候群，人类的对策是实施《灵魂体计划》，进入沉睡等待世界被净化的一天。但是由于在nr中所发生的事情，灵魂体计划完全失败。以至于到4200年为止，人类彻底灭绝。在《尼尔机械纪元》中虽然称人类逃亡了月球，但事实那是人造人为了掩盖人类灭绝的真相做的事后掩盖。

    所以，在整个系列中大致可分为三种情况存在：其一为没有长病的普通人类；其二为通过吃药抵抗白盐化症候群的人；其三通过灵魂体计划，最后又回到肉身的人。其他人类要么凶暴化，要么白盐化，要么变为灵魂体后失去自我崩坏化。

    白盐化症候群

    所有事件的元凶。如果感染，就会发生全身白盐化而死亡，死亡率高达100%。源头来自2003年插于东京铁塔上红龙尸体的魔素。实际魔素是神的诅咒，如果感染就会强制与神缔结“将人类灭亡”的契约，如果不顺从契约就会发生白盐化症候群。

    凶暴化人类

    如果感染白盐化症候群而且顺从神的契约，就会变为凶暴化人类。其中拥有领导机能的特殊个体被称为红眼。

    人类与凶暴化人类的战斗在3287年由人类一侧完全胜利。

    灵魂体计划

    始于2014年的拯救人类的计划。

    为了抵抗从死亡率100%的白盐化症候群，将人类灵魂与肉体分离，让灵魂体进入沉睡之中，等待数千年之后世界没有白盐化症候群的时候再醒来。同时为了延续肉体，创建了复制体系统来制造复制体，复制体是与灵魂体一对一呼应，拥有灵魂体完整遗传信息的肉体，只是没有生殖能力，就算死亡也可以被再次合成出来。负责监视复制体的就是提波儿与波波儿双子人造人。

    灵魂体计划的最终阶段是通过使用“黑之书”与“白之书”融合而产生的巨大能量，从而使灵魂体强制返回复制体之中。但是由于尼尔（复）的阻扰，两本书都被消灭，灵魂体计划也就随之失败。

    次时代保存计划准备委员会

    随着3361年原种灵魂体的消失，灵魂体们的崩坏在不停加速。虽然头体的记录化与dna采取也在进行，但是完全没有进展。

    灵魂体计划的替代品的对策与开发都被移交给了“次时代保存计划准备委员会”，同时，包括灵魂体计划与灵魂体委员会与新型人造人的开发计划也都被同时移交。

    白之书，黑之书

    将灵魂体灌入书一样的容器，从而制造的总计13本书的系统。通过启动白之书与黑之书，强制让灵魂体回归复制体的计划被称为“黑之书计划”，白之书作为黑之书的启动确认，而白之书需要“封印的章节”来启动。

    魔法

    利用魔素，可以无中生有的技术，使用者必须是拥有红龙尸体的培养组织的灵魂体。

    多元世界

    从红龙尸体的研究确认的多元世界，魔素，魔法，白之书，黑之书，灵魂体化技术，都是围绕此产生。

    灵魂体

    为了逃避白盐化症候群，将人类的灵魂从肉体中抽出，其形态被称为灵魂体。大多数的灵魂体都被存放于称为“石之神殿”的地方。

    灵魂体照射到阳光也会自然消失。

    崩坏体

    灵魂体在一定时间之后很容易变为崩坏体。崩坏体再经过一定时间就会死亡。为了防止死亡，只有从原种灵魂体中抽取魔素加以补充。崩坏体的原因复制体的扩张与灵魂体的不稳定，复制体反过来影响灵魂体也是灵魂体计划始料不及的。

    黑文病

    灵魂体变为崩坏体时候，对应的复制体身上浮现的黑色文字从而导致复制体死亡

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